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Genomics-RNA

Core Facility Genomics – ein Überblick

Die Core Facility Genomics der Medizinischen Universität Wien ist eine Serviceeinrichtung zur Durchführung von Hochdurchsatz-Analysen zur Charakterisierung von Genom und Transkriptom und steht allen Kliniken und Universitätsinstituten zur Verfügung.

An der Core Facility Genomics werden routinemäßig Genexpressions- sowie DNA-Variationsanalysen von Mensch, Maus und anderen Organismen durchgeführt.

Dafür kommen unter anderem Illumina- sowie Oxford Nanopore-Technologien zur Sequenzierung zum Einsatz.

Unser Serviceangebot umfasst Projektplanung, labortechnische Laborumsetzung sowie Datenanalyse und Hilfe bei der Interpretation. Unsere Mitarbeiter:innen stehen für Anfragen gerne zur Verfügung.

Dienstleistungen

Transkriptom Analyse:

  • Illumina short read bulkRNA sequencing: mRNA, total RNA, QuantSeq, small RNA, low input protocols
  • Oxford Nanopore Technologies long read sequencing: direct RNA, cDNA protocols
  • 10x Genomics Visium Spatial Transcriptomics: Fresh Frozen & FFPE
  • 10x Genomics single-cell gene expression protocols

Genom-Analyse:

  • Amplicon and gene panels

Datenanalyse:
Für alle Experimente können sofort nach Abschluss der Sequenzierung die Rohdaten der Sequenzierung auf der Illumina-Plattform zur Verfügung gestellt werden:

  • Intensities im Illumina .bcl-Format
  • Die aus den Intensities generierten Files mit den Sequenzen jedes sequenzierten Fragments (reads) im .fastq-Format

Je nach Maßgabe des Experiments und Wunsch der Projektleitung führen wir ausgehend von den fastq-Files eine erste Analyse durch. Diese beinhaltet:

  • Alignment gegen ein Referenz-Genom mit STAR aligner
  • Bestimmung der rohen Expressionswerte (counts)
  • Differenzielle Expressionsanalyse (Vergleich von 2 oder mehreren Gruppen von samples) mit DESeq2 oder anderen geeigneten Analyseprogrammen

Als Ergebnisse dieser ersten Analyse werden beispielsweise zur Verfügung gestellt:

  • Die alignment-Files im .bam-Format
  • Die rohen counts pro Gen oder pro Isoform pro sample als Tabelle
  • Die Ergebnisse der differenziellen Expressionsanalyse als Tabelle, also z.B. fold-change und p-values pro Gen

Weiterführende Analysen können wir ausgehend von diesen Ergebnissen besprechen und bearbeiten. Diese Analysen finden dann auf Kollaborationsbasis statt: Wir entwickeln gerne projektspezifische Analyseprotokolle, führen Analyse von überrepräsentierten Pathways, GO-Terms etc. (enrichment analysis) durch, erstellen Plots, Heatmaps, Figures etc. und erwarten bei entsprechender Verwertung der von uns generierten Ergebnisse und Darstellungen eine Einbindung in daraus entstehende Publikationen als Ko-Autoren.


Assoc. Prof. Priv.-Doz. Mag. Dr. Martin Bilban

Leitung der CF Genomics-RNA

T: +43 (0)1 40400-73539
E-Mail: genomics@meduniwien.ac.at

Catarina De Almeida Diogo de Bettencourt e Ávila, BSc

Technische Assistenz

T: +43 (0)1 40400-73814
E-Mail: genomics@meduniwien.ac.at

Markus Jeitler, BSc

Technische Assistenz

T: +43 (0)1 40400-73814
E-Mail: genomics@meduniwien.ac.at