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Genomics-RNA

Core Facility Genomics - ein Überblick

Die Core Facility Genomics der Medizinischen Universität Wien ist eine Serviceeinrichtung zur Durchführung von Hochdurchsatz-Analysen zur Charakterisierung von Genom und Transkriptom und steht allen Kliniken und Universitätsinstituten zur Verfügung, in enger Zusammenarbeit mit der Biomedical Sequencing Facility des CeMM / der Österreichischen Akademie der Wissenschaften. An der Core Facility Genomics werden routinemäßig Genexpressions- sowie DNA-Variationsanalysen von Mensch, Maus und anderen Organismen durchgeführt.

Dafür kommen unter anderem Illumina Technologien zur Sequenzierung und Affymetrix GeneChip Technologien zum Einsatz.

Unser Serviceangebot umfasst Projektplanung, labortechnische Laborumsetzung sowie Datenanalyse und Hilfe bei der Interpretation. Unsere MitarbeiterInnen stehen für Anfragen gerne zur Verfügung.

 

Dienstleistungen

RNA Sequenzierung mit Illumina Technologie:
 

  • PolyA+ RNA-Seq zur Quantifizierung von Isoformen und zur Analyse von differenziell exprimierten Genen
  • Total RNA-Seq mit ribosomaler Depletion
  • Small RNA-Seq, inkl. miRNA


Verschiedene Protokolle, inkl. single und paired-end stranded Sequenzierung, sind möglich.

Die Durchführung dieser Protokolle beinhaltet:

  • sample Qualitätskontrolle
  • library prep und QC 
  • Flow Cell und Sequenzierlauf

Material: 10 ng total RNA pro Probe (Standard Protokoll)



Datenanalyse:

Für alle Experimente können sofort nach Abschluss der Sequenzierung die Rohdaten der Sequenzierung auf der Illumina Plattform zur Verfügung gestellt werden:
 

  • Intensities im Illumina .bcl Format
  • Die aus den Intensities generierten Files mit den Sequenzen jedes sequenzierten Fragments (reads) im .fastq Format


Je nach Maßgabe des Experiments und Wunsch der Projektleitung führen wir ausgehend von den fastq Files eine erste Analyse durch. Diese beinhaltet:
 

  • Alignment gegen ein Referenz-Genom mit STAR aligner
  • Bestimmung der rohen Expressionswerte (counts)
  • differenzielle Expressionsanalyse (Vergleich von 2 oder mehreren Gruppen von samples) mit DESeq2 oder anderen geeigneten Analyseprogrammen


Als Ergebnisse dieser ersten Analyse werden beispielsweise zur Verfügung gestellt:
 

  • Die alignment Files im .bam Format
  • Die rohen counts pro Gen oder pro Isoform pro sample als Tabelle
  • Die Ergebnisse der differenziellen Expressionsanalyse als Tabelle, also z.B. fold-change und p-values pro Gen .


Weiterführende Analysen können wir dann ausgehend von diesen Ergebnissen besprechen und bearbeiten. Diese Analysen finden dann auf Kollaborationsbasis statt: Wir entwickeln gerne projektspezifische Analyseprotokolle, führen Analyse von überrepräsentierten Pathways, GO-Terms etc. (enrichment analysis) durch, erstellen Plots, Heatmaps, Figures etc. und erwarten bei entsprechender Verwertung der von uns generierten Ergebnisse und Darstellungen eine Einbindung in daraus entstehende Publikationen als Ko-Autoren.


Assoc. Prof. Priv.-Doz. Mag. Dr. Martin BILBAN

Leitung der CF Genomics-RNA

T: +43 (0)1 40400-73539
martin.bilban@meduniwien.ac.at

Catarina De Almeida Diogo de Bettencourt e ÁVILA, BSc

Technische Assistenz

T: +43 (0)1 40400-73814
catarina.avila@meduniwien.ac.at

Markus JEITLER, BSc

Technische Assistenz

T: +43 (0)1 40400-73814
markus.jeitler@meduniwien.ac.at