Core Facility Genomics - ein Überblick
Die Core Facility Genomics der Medizinischen Universität Wien ist eine Serviceeinrichtung zur Durchführung von Hochdurchsatz-Analysen zur Charakterisierung von Genom und Transkriptom und steht allen Kliniken und Universitätsinstituten zur Verfügung. An der Core Facility Genomics werden routinemäßig Genexpressions- sowie DNA-Variationsanalysen von Mensch, Maus und anderen Organismen durchgeführt.
Dafür kommen unter anderem Illumina sowie Oxford Nanopore Technologien zur Sequenzierung zum Einsatz.
Unser Serviceangebot umfasst Projektplanung, labortechnische Laborumsetzung sowie Datenanalyse und Hilfe bei der Interpretation. Unsere Mitarbeiter:innen stehen für Anfragen gerne zur Verfügung.
Dienstleistungen
Transkriptom Analyse:
- Illumina short read bulkRNA sequencing: mRNA, total RNA, QuantSeq, small RNA, low input protocols
- Oxford Nanopore Technologies long read sequencing: direct RNA, cDNA protocols
- 10x Genomics Visium Spatial Transcriptomics: Fresh Frozen & FFPE
- 10x Genomics single-cell gene expression protocols
Genome Analyse
- Amplicon and gene panels
Datenanalyse:
Für alle Experimente können sofort nach Abschluss der Sequenzierung die Rohdaten der Sequenzierung auf der Illumina Plattform zur Verfügung gestellt werden:
- Intensities im Illumina .bcl Format
- Die aus den Intensities generierten Files mit den Sequenzen jedes sequenzierten Fragments (reads) im .fastq Format
Je nach Maßgabe des Experiments und Wunsch der Projektleitung führen wir ausgehend von den fastq Files eine erste Analyse durch. Diese beinhaltet:
- Alignment gegen ein Referenz-Genom mit STAR aligner
- Bestimmung der rohen Expressionswerte (counts)
- differenzielle Expressionsanalyse (Vergleich von 2 oder mehreren Gruppen von samples) mit DESeq2 oder anderen geeigneten Analyseprogrammen
Als Ergebnisse dieser ersten Analyse werden beispielsweise zur Verfügung gestellt:
- Die alignment Files im .bam Format
- Die rohen counts pro Gen oder pro Isoform pro sample als Tabelle
- Die Ergebnisse der differenziellen Expressionsanalyse als Tabelle, also z.B. fold-change und p-values pro Gen .
Weiterführende Analysen können wir dann ausgehend von diesen Ergebnissen besprechen und bearbeiten. Diese Analysen finden dann auf Kollaborationsbasis statt: Wir entwickeln gerne projektspezifische Analyseprotokolle, führen Analyse von überrepräsentierten Pathways, GO-Terms etc. (enrichment analysis) durch, erstellen Plots, Heatmaps, Figures etc. und erwarten bei entsprechender Verwertung der von uns generierten Ergebnisse und Darstellungen eine Einbindung in daraus entstehende Publikationen als Ko-Autoren.