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Bioinformatics

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Seit September 2018 ist Mag. rer. nat. Dr. rer. nat. Sophia Derdak an den Core Facilities der MedUni Wien für die bioinformatische Datenanalyse insbesondere für die Core Facility RNA Genomics zuständig. Zu ihren Kernaufgaben zählt sie es, eigenständige Analyse-Abläufe für die häufigsten Experimenttypen an der Core Facility zusammenzustellen, zu testen und reproduzierbar zu machen, die Erstanalysen nach einer Sequenzierung durchzuführen und die Ergebnisse mit projekt-spezifischen Anleitungen zur Interpretation zu versenden. Dazu arbeitet sie auf einem Linux-Server des MedUni Wien ITSC sowie auf mehreren lokalen Rechnern der Core Facilities. Mit ihren Dienstleistungen hilft sie mit, den Spalt zwischen Laborexperiment und Datenauswertung zu überwinden und so das Maximum an biologischen Schlussfolgerungen aus wertvollen und kostenintensiven Experimenten herauszuholen.

 


Dienstleistungen

  • Ansprechpartnerin für Kollaborationen im Bereich der Transkriptom-Sequenzierung bei komplexeren Projekten und Probenkonstellationen, die projektspezifisch und wenig automatisierbar geplant und bearbeitet werden müssen
  • informiert sich laufend über neu verfügbare Analyse-Programme aus dem Open Source Bereich (inkl. R/Bioconductor)
  • probiert neue Programme aus und integriert ausgewählte Programme in bestehende Analyse-Abläufe
  • individuelle Sprechstunden mit Kund:innen der Core Facilities
  • Kurse und Seminare für Kolleg:innen der MedUni Wien
  • Vortragende für technologische Seminare und Workshops

Mag.a Dr.in Sophia Derdak

Bioinformatik